Die Hauptabteilung IX war die für strafrechtliche Ermittlungen und Strafverfolgung zuständige Diensteinheit. Sie hatte wie die nachgeordneten Abteilung IX in den Bezirksverwaltung (BV) (Linie IX) die Befugnisse eines Untersuchungsorgans, d.h. einer kriminalpolizeilichen Ermittlungsbehörde. Ursprünglich vor allem für die sog. Staatsverbrechen zuständig, befasste sie sich in der Honecker-Ära überwiegend mit Straftaten gegen die staatliche Ordnung, vor allem mit Fällen "ungesetzlichen Grenzübertritts" und Delikten, die mit Ausreisebegehren zu tun hatten. Nach StPO der DDR standen auch die Ermittlungsverfahren der Linie IX unter Aufsicht der Staatsanwaltschaft, in der Praxis arbeitete das MfS hier jedoch weitgehend eigenständig.
Vom 18. bis 21. Dezember 1953 fand vor dem Obersten Gericht der DDR ein auch als "Gehlen-Prozess" bekannter Schauprozess wegen Spionage im Auftrag der Organisation Gehlen statt.
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Um an einer Solidaritätsveranstaltung für die Opfer des spanischen Franco-Regimes teilnehmen zu können, wollte der kritische DDR-Liedermacher Wolf Biermann 1975 nach Offenbach reisen. Die Stasi äußerte in einer Stellungnahme Bedenken dagegen.
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Die Biographie Wolf Biermanns schien zunächst wie gemacht für ein Leben in der DDR. Der Sohn aus einer kommunistischen Arbeiterfamilie siedelte 1953 in die DDR über. Mit seinen Liedern und Gedichten eckte er dort allerdings schnell an. Die SED belegte ihn mit einem Auftrittsverbot, ließ ihn durch die Stasi überwachen, schränkte seinen Bewegungsraum ein und bürgerte ihn 1976 hinterrücks wieder aus.
Härter als mit dem Tode kann man nicht strafen. Der Staatssicherheit schien die Todesstrafe für einen geflüchteten, ehemaligen Grenzoffizier jedoch angemessen. Vor allem, weil sie deren abschreckende Wirkung für die Effizienz des Grenzregimes für notwendig erachtete. Manfred Smolka wurde aufgrund dieses Kalküls 1960 nach einem Schauprozess hingerichtet. Die Unterlagen zeigen, wie die Stasi gegen Smolka vorging und belegen Minister Mielkes Verantwortung für dieses Urteil.
Am 26. Juni 1981 wurde das letzte Todesurteil in der DDR an Werner Teske vollstreckt. Er wurde für einen angeblich geplanten Übertritt in den Westen mit dem Tode bestraft und in Leipzig hingerichtet. Das Ministerium für Staatssicherheit (MfS) statuierte am Hauptmann der Hauptverwaltung Aufklärung (HV A) ein Exempel: Verräter aus den eigenen Reihen musste "die härteste Strafe treffen".
Im Frühjahr 1968 gewannen Reformer in der Kommunistischen Partei der Tschechoslowakei an Einfluss. Der sogenannte "Prager Frühling" wurde jedoch im Spätsommer des Jahres durch einen Einmarsch von Truppen des Warschauer Paktes erstickt. Die Stasi fahndete nach "Provokateuren", die gegen die Besatzung protestierten und nutzte dafür auch die vielen Bilder aus Berichten der westlichen Presse.
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